Dienstag, 18. Mai 2010

David Goodsell, Molekül-Künstler und Wissenschaftler

Wer seine Arbeiten noch nicht kennt, hat bisher etwas verpasst. David Goodsell, Professor für Molekularbiologie, ist seit zehn Jahren Autor des „Molecule of the Month“ der Protein Data Base (PDB), in der monatlich Proteinstrukturen vorgestellt und vor allem visualisiert werden. Das Besondere ist neben der augenscheinlichen Schönheit die Plastizität der überhaupt nicht fotorealistischen Bilder:

Tabakmosaikvirus, MOTM 01/2009


Wie sieht es in einer E.-coli-Zelle aus? Große Version hier.

Warum sehen die Bilder so gut aus? Goodsell verwendet Umrisse für die Moleküle, die abhängig vom Abstand zum nächsten Molekül unterschiedlich dick sind. Durch diese Maßnahme wird die Räumlichkeit verstärkt. Hört sich kompliziert an, ist es aber gar nicht. Dazu kommt eine diffuse Beleuchtung (ambient occlusion) statt der sonst üblichen punktförmigen Lichtquellen – dadurch werden besonders Vertiefungen und Taschen in Proteinen besser sichtbar.

Er verwendet für die Grafiken ein altes FORTRAN-Programm, das er während seiner Doktorarbeit geschrieben hat. „Ein bisschen wie ein Dinosaurier, leider ohne Dokumentation und schwer zu bedienen“ gestand er mir in einer Mail. Öffentlich erhältlich ist sein Programm also leider nicht. Ähnliche Techniken verwendet QuteMol, was ebenfalls hervorragende Visualisierungen ausspuckt. Aber es sieht überhaupt nicht wie Goodsells Grafiken aus. Mit VMD kann man allerdings in der neuesten Version mit etwas Überredung schöne Grafiken im Goodsell-Stil herstellen: Tutorial, VMD outline rendering style

Ich habe auch in meinem Ribosom-Artikel Bilder von Goodsell verwendet.

Goodsells Website, Buch „The Machinery of Life“ (21€) und Poster einer menschlichen Zelle (65$).

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